[ILIAS]

Ну, во-первых к управлению цветом отношения никакого не имеет, а во-вторых для печати ПДФ ничего "роднее", чем Акробат ПРО быть не может быть по определению. Но это непростая программуллина, ее освоить полностью может жизни не хватить.
С такой проблемой не сталкивался никогда, версий Акробата много, косяков можно поймать много разных. По идее надо разбирать конкретный пример (файл) и публиковать скриншоты настроек.
Самый простой совет - печатать из бесплатного Акробат Ридер.